清华大学-东京工业大学联合研究生培养项目于2004年9月正式启动，每年由两校对等互派学生，并采用双方合作导师联合培养模式。该项目通过协同发挥两校的人才培养优势，以培养通晓双方语言、文化和习俗的亚洲科技及人文等领域创新领军青年人才为目标。化工系作为清华大学-东京工业大学联合研究生培养项目清华方牵头单位负责项目的组织和实施。截至2019年底，双方已联合招生十五期，互派学生220名，其中已毕业的研究生约170余名；派遣教师到对方长短期授课200多人次，两校学术交流互访人员超过300人次。为满足双方学生选课需求，化工系专门建设了全英文课程“现代生命科学与工程前沿进展”，课程由清华大学和东京工业大学参与项目的相关教师联合授课。新冠肺炎疫情期间，双方教师坚持采用网络远程教学的方式，完成了联合授课的任务，取得了良好效果。

清华大学-东京工业大学联合研究生培养项目十周年